После того как Годзилла одолел Гидору, прошло 5 лет. Теперь на планете осталось только два альфа-титана – Годзилла и Конг. За ними продолжают следить сотрудники организации «Монарх». Но если Годзилла все так же обитает в океане, то Конга пришлось держать под специально созданным куполом на Острове Черепа. Ученые выяснили, что на протяжении тысячелетий предки Конга и Годзиллы пытались уничтожить друг друга. И теперь, если Годзилла почувствует Конга, то сразу же попытается его убить. К сожалению, Конг в последнее время стал слишком агрессивным. Ему не нравилось находиться под куполом, что очень беспокоила доктора Илейн Эндрюс. Единственной, с кем Конг общался, была ее приемная дочь Дзия. Конг спас девочку во время урагана, в котором погибли все ее близкие и с тех пор чувствовал ответственность за нее.
Титанами интересовались не только сотрудники «Монарха». Компания «Апекс Сибернетик» считалась крупнейшей в области робототехники, но никто не догадывался, что ее генеральный директор Уолтер Симмонс уже долгие годы ищет оружие против Годзиллы. Еще 10 лет назад, когда Годзилла объявился впервые, Симмонс понял, что рано или поздно он может стать угрозой для человечества. После поражения Гидоры ему удалось добыть одну из трех голов этого титана и теперь, используя ее, Симмонс вместе с Реном Серизавой работал над созданием Мехагодзиллы.
Годзилла, почувствовавший излучение, исходящее от головы Гидоры, совершил нападение на лабораторию «Апекс Сибернетик». После этого Симмонс убедился, что нужно спешить, но для запуска Мехагодзиллы не хватало энергии. Тогда он вспомнил об ученом Нейтане Линде, который пытался доказать теорию о существовании внутри нашей планеты особой экосистемы, которая была родиной всех титанов. Он назвал эту систему Полой Землей и там находился источник энергии, так необходимый Симмонсу. Путь туда мог указать Конг, но, чтобы использовать его в качестве проводника, Нейтану предстояло уговорить Илейн Эндрюс, а Симмонс должен был предоставить необходимое сопровождение, которое сможет защитить Конга от нападения Годзиллы.